首页> 知识 > 抗癌资讯>肺癌患者基因检测选择一代测序还是二代测序?请看这篇攻略！

肺癌患者基因检测选择一代测序还是二代测序?请看这篇攻略！

发布于2022-02-24基因检测

4327

靶向治疗的发展显著改善了非小细胞肺癌患者的预后和生存，基因检测是靶向治疗的前提，其结果的精准性至关重要。基因检测假阳性和假阴性均会影响医生做出正确判断，影响后续治疗。

一代测序技术和二代测序技术，到底哪个更精准呢？

分子病理检测的方法多样，包括Sanger测序、即时定量PCR（qRT-PCR）、荧光原位杂交（FISH）、免疫组织化学（IHC）及高通量测序等。一般常说的高通量测序属于二代测序技术。

对于单个基因的检测，各检测方法具有不同的优缺点，临床上可以根据治疗需要选择相应检测技术。

EGFR基因变异

EGFR基因突变主要发生在编码EGFR酪氨酸激酶区的第18~21号外显子，主要包括点突变、插入/缺失突变以及获得性耐药突变（包括第一、二代TKI的耐药突变T790M和第三代TKI的耐药突变C797S等）。EGFR基因扩增对选择靶向药目前无明确临床意义。

临床常用的EGFR基因突变检测方法包括Sanger测序法、qRT-PCR法和二代测序等。

Sanger测序法是早期广泛应用的EGFR基因突变检测方法,但其检测EGFR基因突变的灵敏度较低，操作步骤复杂、容易产生污染。

基于qRT-PCR的方法是目前EGFR基因突变检测常用的检测技术之一，灵敏度相对较高，操作简单，但无法检测出所有可能的突变。

高通量测序技术能同时对多基因、多位点进行测序,可以发现罕见突变位点，为晚期NSCLC患者的全流程管理提供依据。

ALK基因变异

ALK基因变异类型包括基因重排/融合以及获得性耐药突变（点突变为主）。目前至少发现了20多种EML4-ALK融合变异亚型。

ALK Ventana D5F3 IHC检测方法是目前最快速、经济的方法，但该判读标准仅适用于肺腺癌，在鳞癌、神经内分泌癌等其他类型肺癌标本时应谨慎。

FISH检测是检测ALK重排的“金标准”，检测结果判读直观，对样本质量要求较低，但费用较高、经济效益比不佳。

基于qRT-PCR方法的ALK融合基因检测具有较高的灵敏度和特异度，但qRT-PCR只能检测已知ALK融合基因类型，可能存在假阴性。

通常临床建议优先应用IHC-Ventana D5F3进行ALK检测。当怀疑检测标本有质量问题时，优先应用FISH检测。当和其他基因（如EGFR、ROS1等）一起检测时，可以进行qRT-PCR或二代测序检测。

ROS1基因变异

ROS1基因变异包括ROS1基因重排。目前共发现十余种ROS1基因融合伴侣。

ROS1基因重排/融合表达检测各种方法学与ALK相似，但IHC抗体特异性不佳，目前不能直接用于检测ROS1基因重排/融合表达，仅可用于ROS1基因融合初筛。

基于qRT-PCR方法的ROS1融合基因检测具有较高的灵敏度和特异度，且可与ALK联检。FISH检测是检测ROS1重排的“金标准”。

二代测序检测ROS1基因变异可在DNA水平上检测重排序列，也可在mRNA水平检测融合序列，但由于ROS1基因序列的特殊性，基于DNA水平的二代测序检测灵敏度受文库探针设计及生物信息学分析能力影响较大，应注意假阴性。

MET基因变异

根据已有的循证医学证据，目前主要关注MET第14号外显子跳跃突变和MET扩增的检测。MET第14号外显子跳跃突变的检测，包括二代测序或qRT-PCR直接检测缺失MET第14号外显子的mRNA，或二代测序在DNA水平上检测可能导致MET第14号外显子剪切的基因变异。

二代测序可同时检测MET突变和融合等其他变异，且能实现多基因共检，在临床实践中应用更广。

原位杂交检测是检测MET扩增的标准方法。MET扩增是EGFR-TKI耐药机制之一，如有充足的肿瘤组织标本，可以考虑优先选择二代测序。

对于检测结果不能确定、有扩增信号但不典型或者位于临界值的患者，可以使用FISH进行复测。

其他基因变异

HER2基因突变或扩增、BRAF突变、KRAS突变、RET基因重排、NTRK家族基因重排等，均为NSCLC中重要的驱动基因变异，并是潜在的治疗靶点。

HER2基因突变或扩增是NSCLC的驱动基因之一，其中最常见的基因变异为HER2外显子20插入性突变，在NSCLC的突变率为2%~4%。BRAF突变常见位点为V600，在NSCLC中变异频率为1%~2%。KRAS突变易发生在吸烟的肺腺癌患者，并且易伴发其他基因变异，亚洲人群中基因突变率为8%~10%。非小细胞肺癌患者中RET融合基因变异频率为1%~4%，最常见的RET基因融合伴侣为KIF5B（70%~90%）和CCDC6（10%~25%）。NTRK融合基因在NSCLC中罕见，发生率小于0.1%。

所有分子病理检测方法均具有优缺点，有时需要行多平台检测互补和验证。

单基因还是多基因检测？

单基因检测具有快速、易开展的特点；多基因检测可一次为患者提供多种基因变异信息。

临床上优先推荐多基因联合检测。关于肺癌患者多基因联合检测该如何做，我们之前也给大家做过相关科普，详情可以查看：（肺癌患者基因检测该如何做？把握好这4个关键点！）。

现阶段，多重PCR检测和小Panel二代测序试剂盒均已经获得国家药品监督管理局（NMPA）的批准，可同时检测多个基因变异。

相比传统的检测方法，二代测序技术能够在DNA及RNA水平进行更多基因、多位点检测，从而有效地避免样本浪费、节约检测时间并相对地降低检测费用。

推荐对初治患者使用二代测序对NSCLC的所有必检和扩展靶点基因进行筛选。对于EGFR-TKI耐药患者也推荐二代测序检测，以全面地查找耐药原因。

二代测序的检测方法步骤多，程序复杂，包含实验操作（样本准备、文库制备、目标区域富集、测序等）和生物信息学分析（测序后的数据质量分析、比对、变异识别、注释和结果报告与解释等）两部分，任一环节出现问题，都会影响检测结果的准确性。

基因检测结果的精准性直接影响着肺癌患者治疗方案的制定，目前大多数基因检测公司虽然应用的都是二代测序技术，但检测水平参差不齐。

肺癌帮精选了权威的基因检测公司开展合作，并提供1000-2000元经济补助，详情请添加肺癌帮就医助手咨询。